還有一件事，是科學和佛教同樣破斥的，就是靈魂。一般人相信靈魂的理由是：人的軀殼是肉體、是物質，物質是無靈知的，所以必須有個有靈知的靈魂來主使它，譬如一輛汽車，必須有一個司機去駕駛它。這個靈魂是藏在肉體裡的，肉體有了靈魂就成活人，靈魂離開了就變成死人。此說好像言之成理，但拿邏輯或因明學來測驗一下，就發現它的過失來了。 我們現在問他：這個靈魂是物質的，還是非物質的？ 他若說是物質的，則此物必有長短重量，現在人體的解剖學已很發達，人身各部分構造，知道得很清楚，雖小至細胞細菌，也各各知其名稱作用，但從未發現一件不知名稱作用的奇怪東西，若說此物在解剖前或者在人死時早已發出體外，然此靈魂既為物質，則如無動力推動，決不能自飛，若藉人身內的熱力射出體外，則死人周圍必可找到。況且物質是無知的，靈魂既是物質，則肉體又何需乎另一無知的物質之主宰？若說物質有知，則肉體自有知，更何需乎另一有知的物質為之主宰？所以說靈魂是物質的，決不能證成他的理論。他若說靈魂是非物質的，則我們要問：非物質的東西，怎麼會在身軀內跑進跑出？既然說跑進跑出，就不能說是非物質了。
佛教既破斥靈魂，那未生時作主宰，死時受輪迴的又是什麼呢？佛教的解答是：因為這個東西是萬物的本體，是無形無相，不住內外，不出不入的，佛教強名之曰神識，曰佛性。 神識是指被物慾蒙蔽了的本體，佛性是指沒有物慾系縛的本體，其實是二而一、一而二的。 它和一般人所说的灵魂，是有本质上的不同，人們認為靈魂是有形相的，是住在身內的，是能出入的。不過，話得說回來了，神識佛性雖然無形無相，不住內外，不出不入，然而遇緣成熟，也可以顯示出入內外有形有相的物質，所以它既非物質又非非物質。現代科學家對於這個問題，還沒有能力去加以解答，祗是武斷地說：‘沒有這回事’，就以為破斥完畢，而佛教則以佛親證的現量，能說明是非，剖釋真偽，同時指示我們用各種的法門修行，以便和他同樣證得真理。
所以科學和佛教真是世界上的兩盞明燈，它們照破了世間的愚闇，解除了人們的迷執，使人類的智慧得以無止境的發展，而達到無上的正覺。可惜現代的科學還只限於明了物質的相貌，凡有關於心的部分，仍非借重佛教的一盞慧燈，不足以破闇除迷。 例如關於人身各種器官的感覺部分，就牽涉到心的問題，由這種種感覺引起許多心理作用（百法明門論稱之為心所有法），佛教對此研究得很精細，遠非現在的心理學所能企及。 今假定我們聽一個音樂家演奏某一個名曲，耳識就辨出它的旋律，意識隨即分別出它的情調，由此引起許多心所，使我們感覺到優美悅耳，遂發生種種幻想，因而起愛好心，戀戀不捨（若就法相宗的名詞來講，就是引生了觸、作意、受、想、思、貪、痴、放逸諸心所）。 這是指對於音樂已有相當訓練的人說；若是一個根本不懂音樂的人，則聽了此曲之後，他根本不知道什麼旋律，更懂不得情調，只覺咿唔滿耳，非但不發生愛好心，恐怕反而會討厭。 若就物理學的分析，這一支名曲，不過是一連串的空氣波，包含著各種週波率的正弦曲線（亦名諧波），這就是耳膜受到空氣波振動時的真實狀態。耳根的現量境界就是如此。 從耳識所辨出的旋律，意識所辨出的情調，在這許多正弦曲線上是無法找出來的；至於愛好和厭惡，絕然相反，更非曲線上所能有。我們往往忘卻了這一點，把耳識意識所分別所引生的東西，硬加在這一串曲線所代表的空氣波上，而執為實有，—— 這種錯覺已不知不覺的深入我們的膏肓，除了佛教以外，再無人指出此錯誤。 ——於是大家都說，這是一支哀豔的名曲，好像哀艷是此曲所實有，而忘卻了這是唯識所變。又如葱蒜，喜食者謂之為香，不喜食者謂之為臭，若香臭味為蔥蒜所實有者，則不應因人而異。
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