此次香港白皮書引起兩大爭議。
第一爭議，關於司法人員的愛國意識。司法獨立於治權之外，在現代社會已是文明共識。事實上，司法是否獨立，為區分前現代與現代社會的關鍵。封建社會裡，政治權力掌握司法大權，只有一人以及他周圍的少數貴族擅管法律詮釋權。司法獨立乃是社會現代化的基礎，因為一個透明公正的法律制度會阻斷權力濫用或過度集中，法庭是民主社會用來決定所有權利衝突的中性場域，信奉超越種族、文化、國籍、道德、宗教、社會階級的抽象普世價值。君王有其寵愛，司法不能、也不可有所偏愛。
尤其像香港如此一座全球化經濟重鎮，全世界公司均可跨海來此掛牌上市，城裡住滿來自各地的外籍人士，他們不全是中國人、不講中文，他們之所以選擇香港，在香港做生意，僅因信任香港的司法獨立，當有一天他們的商業利益受侵害或人身安全遭威脅，香港司法機構能作出超越國族主義限制的公正判決。

香港北京認識不同

第二爭議，香港的高度自治權來自中央，中央授與多少，香港擁有多少，不存在剩餘權力。香港自治權為《中英聯合聲明》確定，而中國政府是當初參與簽約的一方，無論如何，香港畢竟已是中國領土的一部分，中國政府的確是香港的中央政府。然而，香港與北京最大的鴻溝，恐怕不是粵語與普通話的雞同鴨講，而關於權利與權力之間的認識不同。北京念茲在茲的是始終是「權力」，而香港人民不斷上街爭取的卻是「權利」。 
對北京來說，「權利」是由「權力」給予的。然而，關於人的「權利」，這個世界經過法國大革命、以及許許多多後繼革命之後所集體痛苦習得並追求、珍惜的基本觀念，即人生來是、而且始終是自由平等。簡言之，天賦人權。一個人的權利不是其隸屬的社會給予他的，而原原本本屬於他的。這不能說僅是西方觀念，中國本身歷經民國革命、共產革命，其實都在爭取人權的落實，可以說這是中國清末以來的共同社會理想。 
當然，人帶著他的自然權利，在進入社會時，也要尊重其他人的自然權利，多少需要調整，以達到和諧生活的目的，但，調整的前提仍在保護所有人的權利，而不是為了捍衛誰的「權力」，這是司法之所以必須堅持獨立的原因。 
社會的「權力」來自人民的「權利」，而不是倒反過來。當我們使用「民主」這個詞彙，即在反覆重申社會「權力」的來源。就算成龍式的民主論點成立，就是目前中國人的素質不夠普遍實施民主，這類疑問在他的市民同胞身上並不成立，何況任何社會進程皆是學習而來，包括民主也需要學習，如果永遠不開始，何時能嫻熟民主呢？ 
今日已是二十一世紀，我們仍在討論人民的基本權利這件事。但，既然非如此不可，我們就繼續討論下去。